藥檢所實驗室的建設以科學合理、規模適當、資源共享和不重復建設為原則。選址在交通便利、環境安靜、遠離污染源的區域，同時確保供水供電穩定。

實驗室的規劃應充分考慮其功能需求，包括實驗室分區、設備布局、通風系統、人流物流通道等。布局應科學合理，確保實驗室的高效運行和人員的便捷操作。

功能間包括中心實驗室、儀器室、微生物檢查室、干燥室、消毒室、試劑存放間、玻璃儀器存放間、毒氣室、特殊氣體供應室以及留樣觀察等輔助功能間。各功能間應保持適當的距離，避免交叉污染，同時便于人員、設備及物品的流通。配備空氣凈化系統、溫濕度控制系統及通風系統。特殊功能間嚴格分開，設置人凈和物凈設施。

空氣凈化系統：實驗室應配備專業的空氣凈化系統，確保實驗室內的空氣質量達到標準要求。

溫濕度控制系統：實驗室應設置溫濕度控制系統，以維持實驗室內的溫度和濕度在適宜范圍內。

通風系統：實驗室應具備良好的通風系統，包括新風系統和排風系統。新風應全部來自室外，并經過過濾處理；排風應直接排出室外，避免在室內循環。

無菌室相對正壓或負壓，配備獨立的中心庫房，按儲存內容不同分為試劑庫、常溫留樣室、陰涼留樣室及冷藏室。實驗室保持潔凈、安全、穩定的環境，配備專業的空氣凈化系統、溫濕度控制系統及通風系統。無菌檢查、微生物限度檢查與抗生素微生物檢定的實驗室應嚴格分開，并設置人凈和物凈的設施。無菌操作間應根據檢驗品種的需要，保持對鄰室的相對正壓或相對負壓，并定期檢測潔凈度。

工程技術設計要求

地面水平工程：藥物分析實驗室使用的儀器設備均要求水平安裝和使用，地面水平工程在實驗室工程設計與施工中應列入重點內容。

防塵、防噪音、防震工程：實驗室防塵、防噪音、防震三防工程是實驗室建設中的設計重點。防止塵埃污染主要是與外界進行有效隔斷，對塵埃有PPM級要求的微生物實驗室要采用凈化空氣。

凈化與排風工程：實驗室的排風系統設計應有效隔斷，以確保實驗室內環境的安全與舒適。

動物實驗室工程：動物實驗室設計應遵循獨立選址原則，要求與其他實驗設施分離建設，所處位置應僻靜、衛生無污染。

中心庫房工程：為保證檢品、留樣、試劑、實驗室其他工作用品的安全存放，配備獨立的中心庫房。

植化分析室工程：規劃設置為標本室和植化實驗室，通過對中藥材標本的整理、鑒定、貯藏、維護、交流、展示及對檢品提取、分離、純化來開展中藥檢定與植物藥研發工作。

實驗室安全及應急工程：設立急救室，配備醫學急救、應急沐浴以及洗眼基本設施；配備備用發電機并有可靠和充足的電力供應和應急照明。